Com a crescente demanda por análises de dados genômicos, plataformas de bioinformática com pipelines robustos e escaláveis são essenciais para facilitar o trabalho dos pesquisadores, auxiliando na automação de tarefas e na reprodutibilidade dos dados.
JAMIRA apresenta um pipeline para análise de dados genômicos de procariotos projetado para o gênero bacteriano Enterococcus spp . Esses microrganismos emergiram como uma das principais bactérias de relevância clínica, devido a sua capacidade e facilidade de adquirir e passar genes de resistência e virulência através de elementos genéticos móveis, como profagos, plasmídeos e ilhas genômicas.
Diversas ferramentas de bioinformática foram então selecionadas, a partir da literatura, para identificação de elementos associados ao sucesso de colonização e plasticidade genômica dos enterococcus, construindo uma plataforma que auxilie tanto os pesquisadores a entenderem a como esse gênero de bactérias emergiu como um dos principais de relevência clínica, como em estudos que envolvam a prevenção e gestão das infecções causadas pelos enterococcus. Sendo elas:
Abricate: identificação de fatores de virulência e predição de plasmídeos
RGI: identificação de resistência antimicrobiana
Phispy: predição de profagos
IslandPath: predição de ilhas genômicas
Prokka: anotação de ganoma